Στα τέλη του 18ου αιώνα και αρχές του 19ου αιώνα, η Ύδρα εξελίσσεται σε μεγάλη ναυτική δύναμη με εμπορικό στόλο 150 πλοίων. Oι νέες δυνατότητες που έδωσε στην ελληνική εμπορική ναυτιλία η ρωσοτουρκική συνθήκη του Κιουτσούκ Καϊναρτζί (1774) μαζί με την εύνοια της Οθωμανικής διοίκησης που στηριζόταν πολύ στη ναυτική εμπειρία των Υδραίων που υπηρετούσαν στον τουρκικό στόλο, εξασφάλισε στο νησί την αυτοδιοίκηση με την αποστολή στην Ύδρα το 1802 του υδραίου Γεωργίου Δήμα Βούλγαρη, ευνοούμενου του τότε Καπετάν Πασά και Αρχικυβερνήτη της Τουρκικής Ναυαρχίδας.

Ο Βούλγαρης τοποθετήθηκε από το Σουλτάνο ως Μιτάς Κοτζαμπάσης (Διοικητής) και Ναζίρης (επόπτης) της Ύδρας και για κάποιο χρονικό διάστημα του Πόρου και των Σπετσών, με σκοπό να επιβάλει την διασαλευμένη τάξη. Η συνετή του διοίκηση και η οθωμανική εύνοια στο πρόσωπό του συνετέλεσαν στο να καταφέρει ο Γ. Βούλγαρης, ο "Μπέης" όπως τον αποκαλούσαν οι Υδραίοι, να αναγάγει το νησί σε πρότυπο εννοούμενου τόπου.

Η περίοδος της οικονομικής ευρωστίας, η σχετικά καταστολή της πειρατείας και η εσωτερική ησυχία που ακολούθησε τους χρόνους διακυβέρνησης του Γεωργίου Βούλγαρη, έδωσαν την ευκαιρία στους Υδραίους να οργανώσουν την κοινωνία τους όπως αυτοί ήθελαν, ενώ οι συνεχείς μάχες που αναγκάζονταν να δίνουν τα υδραϊκά πληρώματα με τους πειρατές, που τότε λυμαίνονταν απ'άκρο σε άκρο την Μεσόγειο, τους μετέτρεψαν με τον καιρό από ασήμαντους γεωργούς και ποιμένες, σε τολμηρούς εμπειροπόλεμους ναυτικούς.

Από πολύ νωρίς η Ύδρα χρησιμοποιήθηκε ως ναυτικός σταθμός, με αποτέλεσμα να πρωτοστατήσει στο θαλάσσιο εμπόριο και στις επικοινωνίες. Ιδιαίτερη άνθιση παρουσιάζει το εμπόριο στο τέλος του 18ου αιώνα και στις αρχές του 19ου. Τότε οι Υδραίοι εκμεταλλεύτηκαν την Άγγλο-Γαλλική διαμάχη και αποκόμισαν τεράστια κέρδη, ελέγχοντας το θαλάσσιο εμπόριο, διασπώντας τον αποκλεισμό που είχε επιβάλλει η Αγγλία στα λιμάνια της Γαλλικής επικράτειας, κατά την διάρκεια των Ναπολεόντειων πολέμων.

Αυτό είχε σαν αποτέλεσμα την εποχή αυτή το νησί να γνωρίσει τη μεγαλύτερη δύναμή του και κατ' επέκταση την οικονομική και πνευματική άνθησή του. Οι Υδραίοι σταδιακά έγιναν κύριοι των θαλάσσιων δρόμων της Μεσογείου και η Ύδρα αναδείχτηκε σε πρώτη ναυτική δύναμη ανάμεσα στα ελληνικά νησιά.

Το υψηλό επίπεδο ανάπτυξης της ναυτιλιακής και εμπορικής δραστηριότητας το αποδεικνύουν η ίδρυση ναυτικής σχολής με την μετάκληση ιταλών και πορτογάλων δασκάλων για τη συστηματικότερη διδασκαλία της ναυτικής τέχνης, καθώς και η θέσπιση ειδικών νόμων και κανόνων για τη ρύθμιση των σχετικών συναλλαγών.

Γίνεται συνεπώς πλήρως κατανοητό, γιατί η στιγμή της έναρξης του αγώνα στα 1821 βρήκε το μικρό και μέχρι
πρότινος ασήμαντο αυτό νησί του Αργοσαρωνικού, να αριθμεί περί τους 27.000 κατοίκους.

Μετά την Απελευθέρωση αρχίζει μια μακρά περίοδος παρακμής και οικονομικής ύφεσης για το νησί και για ένα περίπου αιώνα, η Ύδρα παρά το μικρό μέγεθός της και την εντεινόμενη οικονομική παρακμή της, έδωσε στην πολιτική ζωή της χώρας έναν Πρόεδρο της Δημοκρατίας, πέντε πρωθυπουργούς, πολλούς υπουργούς (ιδίως στο Υπουργρίο Ναυτικών).

Ο Γεώργιος Κουντουριώτης διετέλεσε Πρόεδρος του Εκτελεστικού κατά την Επανάσταση, μέλος του Συμβουλίου του Καποδίστρια και επί Όθωνα Πρωθυπουργός και Υπουργός Ναυτικών. Ο Αντώνιος Κριεζής, Πρωθυπουργός επί Όθωνα, ο Δημήτριος Βούλγαρης επτά φορές Πρωθυπουργός της Ελλάδας, ο Αθανάσιος Μιαούλης τρεις φορές Πρωθυπουργός της Ελλάδας, και ο Πέτρος Βούλγαρης Πρωθυπουργός της Ελλάδας.